En España, la Red Natura 2000 se encuentra distribuida por regiones biogeográficas en su ámbito terrestre y marino, correspondiendo al primero las regiones Atlántica, Alpina, Macaronésica y Mediterránea. Al segundo, es decir, el ámbito marino está formado por las regiones marinas Atlántica, Macaronesia y Mediterránea.La región Atlántica se corresponde con la fachada noratlántica del país (11,07 % de la superficie nacional); la región Alpina comprende el Pirineo y algunas zonas del Prepirineo (1,92 % de la superficie nacional); la región Mediterránea incluye el resto de la España peninsular, las islas Baleares y los enclaves africanos (85,54 % de la superficie nacional); y, por último, la región Macaronésica que se encuentra en el conjunto del archipiélago canario (1,47 % de la superficie nacional).
La mayor parte de los espacios de la Red Natura 2000 se encuentran incluidos en la Región Mediterránea, lo que supone un 80 % aproximadamente de los espacios protegidos. Una cuarta parte de la Red Natura 2000 se encuentra dedicada a usos agrícolas y agroforestales, concentrándose principalmente dichos usos en las mesetas, valle del Ebro y Extremadura.

Hasta diciembre de 2016, y según los datos de actualización de los espacios ZEPA remitidos por el MAPAMA a la Comisión Europea, el número total de espacios ZEPA en España es de 647, con una superficie total protegida de zonas ZEPA de 15.361.419,67 hectáreas, distribuidas en la forma siguiente: 10.163.221,87 hectáreas de superficie terrestre y 5.198.197,80 hectáreas de superficie marina, cifras que en su conjunto representan un porcentaje total del 20,08 % de superficie protegida del total de las Comunidades Autónomas que suman 50.622.367,55 hectáreas.
Tres son los grandes marcos con competencias regulatorias, de desarrollo y de ejecución normativaen materia de política agraria general, conservación y restauración de hábitats y protección del medio ambiente, fauna y flora silvestres: la Unión Europea, la Administración General del Estado y la Administración de las 17 Comunidades Autónomas. Y, además, un cuarto marco es el formado por la Administración Local (más de 8.000 Ayuntamientos y Diputaciones Provinciales) respecto a la regulación del suelo urbano y periurbano de todos y cada uno de los municipios de España.
En este contexto es en el que ha de armonizarse y hacerse compatible los usos tradicionales agrícolas y ganaderos de las zonas que presentan una relevancia e importancia para la protección y conservación del medio natural y la fauna, con la adopción de Programas, Medidas e Instrumentos de Protección de esas zonas, en cuanto territorios que son hábitats naturales y/o hábitats de especies.
En este conflicto de intereses, y una vez declarada una zona o área como ZEPA, han de arbitrarse todo un conjunto de mecanismos que minimicen el impacto económico por la reducción o pérdida de actividades agrícolas y/o ganaderas para
sus habitantes o, en su caso, que con las limitaciones y reservas necesarias se acometa un programa de compatibilidad que reduzca la presión de dichas actividades económicas y medio de vida de los habitantes de un área afectada, sobre los hábitats naturales y la fauna con presencia permanente o en tránsito.
En el ámbito de la viticultura, la actual transformación de la conducción del cultivo de la vid desde cultivos en vaso a cultivos en espaldera ha supuesto y supone la pérdida de hábitats útiles para algunas aves e, igualmente, la transformación de algunos cultivos de secano en regadío y la construcción de infraestructuras es generadora de graves impactos sobre el medio y la fauna.
Por todo ello, algunos de los mecanismos que sirven para alcanzar los objetivos de protección de los hábitats naturales y hábitats de fauna son los siguientes:
► Ayudas económicas a los agricultores y ganaderos que posean parcelas de cultivos agrícolas y/o ganadería.
► Retirada de la producción temporal de los cultivos agrícolas durante determinados años.
► Adopción de medidas de mejora para la conservación y protección de la fauna presente en las áreas afectadas.
► Adecuación de los calendarios de siembra y recogida de los cultivos.
► Reducción del empleo de fertilizantes y biocidas.
► Utilizar exclusivamente para la siembra semillas que no contengan productos fitosanitarios.
► Para la realización de tratamientos fitosanitarios, utilizar exclusivamente productos clasificados toxicológicamente en la categoría “AAA”.
► Reducir la aportación de abonos nitrogenados y productos fitopatológicos en las proporciones que se indiquen.
► No efectuar quema de rastrojos.
► Seguir los calendarios de cultivos que se designen por el organismo competente.
► En las zonas de cultivo, permitir áreas de reserva destinadas a facilitar el asiento permanente de vegetación espontánea.
► Compromiso de no acumular objetos o restos ni realizar quemas sobre tierras en barbecho o abandonadas, tratamientos de especie alguna o cualquier otra acción que pueda perjudicar la flora y fauna que sustenten.